DIA（Data Independent Acquisition）蛋白質組學
產品簡介
DIA（Data Independent Acquisition）蛋白質組學是一種基于質譜技術的非標記蛋白質分析方法，其技術原理在于使用預設的質荷比（m/z）窗口對所有肽段進行統一掃描，而不是根據前置掃描的結果選擇特定的肽段進行掃描。這種全面掃描的方式使得DIA技術能夠同時分析更多的蛋白質和肽段，提高了蛋白質組學研究的深度和廣度，適合大樣本量的蛋白質定量研究。
技術優勢
1.全面性：Direct DIA技術能夠同時檢測樣品中的所有蛋白質，無需事先選擇或篩選目標蛋白質，從而確保了數據的全面性。
2.高通量：由于采用了非選擇性的掃描方式，DIA技術能夠在短時間內處理大量的樣品，提高了分析效率。
3.高準確性和可重復性：在2017年一篇發表于Nature Communications的論文中，研究者選取位于全球不同地點的11家質譜檢測實驗室，采用同樣的樣品收集及信息分析流程，對DIA技術進行準確性和重復性評估，結果表明基于DIA技術進行的蛋白質定量檢測有非常好的準確性和可重復性。
儀器平臺
Thermo Scientific Q Exactive HF-X
Thermo Scientific Orbitrap Fusion Lumos
Thermo Scientific Q Exactive
服務流程
分析內容
標準分析內容 | |
質控評價 | QC樣本評價；組間樣本鑒定評價；樣本定量波動評價；DIA體系評價 |
蛋白質鑒定分析 | 鑒定與定量結果統計；單個樣本蛋白質鑒定結果統計；韋恩圖；主成分分析；蛋白質豐度分析 |
差異蛋白分析 | 差異蛋白統計；火山圖；箱線圖；聚類熱圖 |
功能分析 | 亞細胞定位；GO富集分析；KEGG/Reactome通路分析；GSEA分析；轉錄因子分析；互作網絡分析； |
個性化分析 | 與客戶協商后按實際情況執行 |
送樣建議
樣本類型 | 推薦起始量 | 建議樣品處理流程 |
細胞 | >5×106
| 貼壁細胞 1.傾掉培養基，用PBS清洗3次，加入胰酶； 2.消化好的細胞轉入EP管，室溫3000g離心5min，棄掉上清； 3.PBS清洗3次，上清吸凈，細胞沉淀立即-80℃冰箱儲存。 或者 1.傾掉培養基，用PBS清洗3次后加入裂解液； 2.細胞刮刮細胞培養板，收集細胞裂解液，立即-80℃冰箱儲存。 懸浮細胞 1.3000×g離心5min收集細胞沉淀； 2.PBS清洗3次，立即-80℃冰箱儲存。 |
動物組織 | >15mg | 1.取目標部位組織，迅速取材且大小均一，將組織切成0.5cm左右的小塊； 2.組織小塊浸入PBS，洗掉組織中殘留的血； 3.用無塵紙吸凈表面的液體，立即-80℃冰箱儲存。 |
植物組織 | >50mg | 1.選取干凈的目標部位組織，迅速取材且保證取材均一；將組織剪成0.5cm左右的小塊； 2.組織立即-80℃冰箱儲存。 |
微生物 | >20mg | 1.收集菌體培養物，3000g離心5min，棄掉培養基； 2.PBS清洗3次，保留細菌沉淀，-80℃冰箱儲存。 |
血清/血漿 | >50μL | 血清 取普通采血管收集血液，室溫靜置，上層洗出的液體即為血清。 血漿 取抗凝采血管收集血液，使血液與管壁充分接觸，1000×g 4℃離心10-15min,上層即為血漿。 |
結果展示
案例分析
北京大學醫學部精準醫療多組學研究中心主任黃超蘭團隊，與中國科學院院士高福團隊合作在Nature Communications雜志發表了題為：Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease的研究論文。研究者對來自健康志愿者，COVID-19患者和非COVID-19肺炎患者的尿液樣本開展了基于DIA方法的定量蛋白質組學分析。結果顯示，與健康志愿者和非COVID-19肺炎患者相比，共有1986個蛋白在COVID-19患者體內發生顯著變化，其中下調蛋白比上調蛋白的總數多出十倍，大量參與免疫應答和緊密連接形成的蛋白均呈現下調狀態。該研究發現早期的新冠感染患者存在著顯著的免疫抑制，并提出COVID-19的發病機制或存在“兩階段”模式：一階段涉及免疫系統抑制、緊密連接受損以及大規模的代謝紊亂；二階段涉及部分免疫應答激活，可能進一步導致細胞因子風暴和器官損傷的發生。
